Santorini là tên được Đế quốc Latinh đặt vào thế kỷ 13, và ám chỉ đến Thánh Irênê, từ tên của một nhà thờ cổ tại làng Perissa. Trước đó, đảo được gọi là Kallístē (Καλλίστη, "cái đẹp nhất"), Strongýlē (tiếng Hy Lạp: Στρογγύλη, "cái vòng tròn"),[8] hay Thēra. Tên gọi Thera đã được phục hồi vào thế kỷ 19 và trở thành tên chính thức của đảo và thành phố chính trên đảo, nhưng tên thông tục Santorini vẫn được sử dụng phổ biến. Dưới thời đế chế Ottoman thống trị biển Aegea, địa danh ngoại lai của tiếng Thổ của đảo là "Santurin" hay "Santoron".[9]